2006. aastal rekonstrueeriti EL ÜF projekti „Rapla vee- ja kanalisatsioonirajatised“ raames täielikult reoveepuhasti mudatöötluse pool ning 2009. aastal uuendati reoveepuhasti juhtimissüsteemi.
Rapla linna reoveepuhasti puhul on tegemist mehaanilis-bioloogilise puhastusprotsessiga, keemilise fosfori ärastusega. Puhastusprotsessi osadeks on kõigepealt treppvõre ja aereeritav liivapüünis. Edasi liigub reovesi aerotankidesse, kus toimub aktiivmuda kestusõhutuse menetlus ja lisatakse Fe2(SO4)3 koagulanti fosforiühendite ärastuseks. Aktiivmudareaktori läbinud reovesi juhitakse järelsetititesse. Järelsetitites selitatud vesi juhitakse ülevoolutorustiku kaudu kontrollkaevu ja sealt edasi järelpuhastuseks biotiikidesse. Järelpuhastina on kasutusel 4 biotiiki, millede pindala on kokku 9 300 m2. Järelsetitites settiv aktiivmuda pumbatakse bioprotsessi algusesse õhktõstuki abil. Protsessis tekkiv liigmuda eemaldatakse järelsetititest teise õhktõstuki abil mudatihendajasse, kus muda viibeaeg on 3-4 ööpäeva. Mudatihendajast pumbatakse tahendatud muda lintfilterpressile, kus mudast eraldatakse polümeeri abiga vesi kuni kuivaine sisalduseni 15 %.
Pressitud muda veetakse veoautoga kinnises konteineris Mäepere komposteerimisväljakule, kus sellest valmistatakse põllumajanduses ja haljastuses kasutatavat kompostmulda. Rapla linna reoveepuhasti projekteeritud hüdrauliline koormus on 2 200 m3/d, reostuskoormus 780 kgBHT7/d, üldfosfori koormus 16 kgP/d ja üldlämmastiku koormus 110 kgN/d. Puhastusefektiks on projekti järgi ette nähtud 90% BHT ja 90% üldfosfori osas. Rapla linna reoveepuhasti eesvooluks on Vigala jõgi. Reoveepuhastile juhitav reovesi formeerub kolmest Alu alevikus asuvast, kolmest Uusküla külas asuvast ja 17 Rapla linnas asuvast ülepumplast. Enamus ülepumplaid on rajatud või rekonstrueeritud viimastel aastatel.